Am 1. Januar 2015 wurde das ehemalige „Aquarium Helgoland“ wegen erheblicher Schäden an der Bausubstanz des Gebäudes für den Besucherverkehr geschlossen.

Der Betreiber, das „Alfred-Wegener-Institut“ (AWI), entwickelte mit der Gemeinde Helgoland ein neues Nutzungskonzept für den denkmalgeschützten Bau an der Helgoländer Promenade, das im Frühjahr 2016 der Öffentlichkeit präsentiert wurde.

Statt der ursprünglich veranschlagten 7,5 Millionen kostete der Umbau ca. 14 Millionen Euro, von denen 10 Millionen der Bund, 1,5 Millionen die Gemeinde Helgoland und 1,5 Millionen Euro das Land übernahm.

Die Umbaumaßnahmen liefen unter dem Namen „Atlantis 4.0“. Nach Fertigstellung können die Besucher auf 600 Quadratmetern statt eines Aquariums eine interaktive Ausstellung – u.a. mit Infotafeln mit Touchscreens und 3D-Animationen - nach dem Vorbild der Dubliner „Science Gallery“ durchlaufen, die Einblicke in die Meeresforschung des „AWI“ und den Naturraum Helgoland gibt. Ausstellungsthemen sind unter anderen vergangene, gegenwärtige und zukünftige Veränderungen im Klima- und Ökosystem an der Küste und in der Nordsee, mit Blick auf die globalen Ozeane.

Lt. „AWI“ mussten ein Großteil der alten Meeresbecken abgebaut werden, es sind aber weiterhin auch lebende Tiere zu sehen, für die u.a. im ehemaligen Seehundbecken ein Felswatt mit Meerwasserbecken nachgebaut wurde. Im Innenbereich entstand ein Raum mit im Boden versenkbaren Exponaten, der nach Bedarf zum Vortragssaal umgebaut wird.

Das „Scientarium“ ist ein Schülerlabor, das Schulklassen und Jugendgruppen einläd, unter Anleitung zu experimentieren und in der nach dem berühmten Helgoländer Fotografen Franz Schensky (1871-1957) benannten „Schensky-Lounge“ auf historischen Fotos Wissenswertes über Helgolands Geschichte zu erfahren.
 
Der erste Bauteil sollte im Frühjahr 2018 eröffnet werden.